Материалы:NC 007005

Вы находитесь в Инкубаторе

Это исходный материал (как правило загружен ботом)

Эта статья — часть материалов: лаборатории Биоинформатика, исследовательского проекта «Геном прокариот»

   LOCUS       NC_007005            6093698 bp    DNA     circular BCT 17-AUG-2006
   DEFINITION  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a, complete genome.
   ACCESSION   NC_007005
   VERSION     NC_007005.1  GI:66043271
   KEYWORDS    .
   SOURCE      Pseudomonas syringae pv. syringae B728a
     ORGANISM  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a
               Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales;
               Pseudomonadaceae; Pseudomonas.
   REFERENCE   1  (bases 1 to 6093698)
     AUTHORS   Feil,H., Feil,W.S., Chain,P., Larimer,F., Dibartolo,G.,
               Copeland,A., Lykidis,A., Trong,S., Nolan,M., Goltsman,E., Thiel,J.,
               Malfatti,S., Loper,J.E., Lapidus,A., Detter,J.C., Land,M.,
               Richardson,P.M., Kyrpides,N.C., Ivanova,N. and Lindow,S.E.
     CONSRTM   DOE Joint Genome Institute
     TITLE     Comparison of the complete genome sequences of Pseudomonas syringae
               pv. syringae B728a and pv. tomato DC3000
     JOURNAL   Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (31), 11064-11069 (2005)
      PUBMED   16043691
   REFERENCE   2  (bases 1 to 6093698)
     CONSRTM   NCBI Genome Project
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (17-MAY-2005) National Center for Biotechnology
               Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA
   REFERENCE   3  (bases 1 to 6093698)
     AUTHORS   Feil,H., Feil,W.S. and Lindow,S.E.
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (05-MAY-2005) Departments of Plant and Microbial Biology,
               University of California, Berkeley, CA 94720, USA
   REFERENCE   4  (bases 1 to 6093698)
     AUTHORS   Loper,J.
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (04-MAY-2005) Oregon State University, OR 97331, USA
   COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
               NCBI review. The reference sequence was derived from CP000075.
               COMPLETENESS: full length.

Расположение РНК[править]

Начало	Конец	Направление	Длина	PID	Ген	COG	Комментарий
103774	103850	+	77	66043271	Psyr_RNA1	-	^{11 Arg tRNA}
659379	659465	-	87	66043271	Psyr_RNA2	-	^{15 Leu tRNA}
659626	659712	-	87	66043271	Psyr_RNA3	-	^{15 Leu tRNA}
772096	773633	+	1538	66043271	Psyr_RNA4	-	16S ribosomal RNA
773757	773833	+	77	66043271	Psyr_RNA5	-	^{14 Ile tRNA}
773864	773939	+	76	66043271	Psyr_RNA6	-	^{02 Ala tRNA}
774183	777085	+	2903	66043271	Psyr_RNA7	-	23S ribosomal RNA
777230	777344	+	115	66043271	Psyr_RNA8	-	5S ribosomal RNA
835185	835260	+	76	66043271	Psyr_RNA9	-	^{07 Asn tRNA}
835290	835366	+	77	66043271	Psyr_RNA10	-	^{03 Pro tRNA}
835372	835447	+	76	66043271	Psyr_RNA11	-	^{10 Lys tRNA}
835543	835619	+	77	66043271	Psyr_RNA12	-	^{03 Pro tRNA}
964686	966223	+	1538	66043271	Psyr_RNA13	-	16S ribosomal RNA
966347	966423	+	77	66043271	Psyr_RNA14	-	^{14 Ile tRNA}
966454	966529	+	76	66043271	Psyr_RNA15	-	^{02 Ala tRNA}
966773	969675	+	2903	66043271	Psyr_RNA16	-	23S ribosomal RNA
969825	969939	+	115	66043271	Psyr_RNA17	-	5S ribosomal RNA
1034590	1034666	-	77	66043271	Psyr_RNA18	-	^{16 Met tRNA}
1080088	1080162	-	75	66043271	Psyr_RNA19	-	^{05 Gln tRNA}
1385152	1385236	-	85	66043271	Psyr_RNA20	-	^{15 Leu tRNA}
1581982	1582058	-	77	66043271	Psyr_RNA21	-	^{16 Met tRNA}
1582264	1582340	-	77	66043271	Psyr_RNA22	-	^{16 Met tRNA}
1604319	1604394	+	76	66043271	Psyr_RNA23	-	^{10 Lys tRNA}
1604490	1604566	+	77	66043271	Psyr_RNA24	-	^{03 Pro tRNA}
1744950	1745039	+	90	66043271	Psyr_RNA25	-	^{08 Ser tRNA}
1788216	1788291	+	76	66043271	Psyr_RNA26	-	^{13 Val tRNA}
1788313	1788389	+	77	66043271	Psyr_RNA27	-	^{06 Asp tRNA}
1876161	1876236	+	76	66043271	Psyr_RNA28	-	^{13 Val tRNA}
1876316	1876392	+	77	66043271	Psyr_RNA29	-	^{06 Asp tRNA}
1876508	1876584	+	77	66043271	Psyr_RNA30	-	^{06 Asp tRNA}
1981361	1981437	+	77	66043271	Psyr_RNA31	-	^{11 Arg tRNA}
1981489	1981564	+	76	66043271	Psyr_RNA32	-	^{09 His tRNA}
1981621	1981705	+	85	66043271	Psyr_RNA33	-	^{15 Leu tRNA}
2101602	2101718	+	117	66043271	Psyr_RNA34	-	SRP RNA; RNA component of signal recognition particle
2161907	2161996	-	90	66043271	Psyr_RNA35	-	^{08 Ser tRNA}
2296343	2296418	+	76	66043271	Psyr_RNA36	-	^{02 Ala tRNA}
2296507	2296582	+	76	66043271	Psyr_RNA37	-	^{04 Glu tRNA}
2296634	2296709	+	76	66043271	Psyr_RNA38	-	^{02 Ala tRNA}
2296756	2296831	+	76	66043271	Psyr_RNA39	-	^{04 Glu tRNA}
2523108	2523184	+	77	66043271	Psyr_RNA40	-	^{03 Pro tRNA}
2809115	2809191	+	77	66043271	Psyr_RNA41	-	^{13 Val tRNA}
2810905	2810981	+	77	66043271	Psyr_RNA42	-	^{13 Val tRNA}
3348041	3348126	+	86	66043271	Psyr_RNA43	-	^{15 Leu tRNA}
3433363	3433436	-	74	66043271	Psyr_RNA44	-	^{19 Cys tRNA}
3473750	3473825	-	76	66043271	Psyr_RNA45	-	^{01 Gly tRNA}
3706447	3706522	-	76	66043271	Psyr_RNA46	-	^{07 Asn tRNA}
3793910	3793997	+	88	66043271	Psyr_RNA47	-	^{08 Ser tRNA}
3847440	3847554	-	115	66043271	Psyr_RNA48	-	5S ribosomal RNA
3847704	3850606	-	2903	66043271	Psyr_RNA49	-	23S ribosomal RNA
3850850	3850925	-	76	66043271	Psyr_RNA50	-	^{02 Ala tRNA}
3850980	3851056	-	77	66043271	Psyr_RNA51	-	^{14 Ile tRNA}
3851140	3852677	-	1538	66043271	Psyr_RNA52	-	16S ribosomal RNA
4228815	4228891	-	77	66043271	Psyr_RNA53	-	^{11 Arg tRNA}
4232917	4232993	-	77	66043271	Psyr_RNA54	-	^{11 Arg tRNA}
4233081	4233157	-	77	66043271	Psyr_RNA55	-	^{11 Arg tRNA}
4233267	4233357	-	91	66043271	Psyr_RNA56	-	^{08 Ser tRNA}
4292445	4292520	-	76	66043271	Psyr_RNA57	-	^{01 Gly tRNA}
4292525	4292600	-	76	66043271	Psyr_RNA58	-	^{04 Glu tRNA}
4292701	4292776	-	76	66043271	Psyr_RNA59	-	^{01 Gly tRNA}
4292779	4292854	-	76	66043271	Psyr_RNA60	-	^{04 Glu tRNA}
4736047	4736120	+	74	66043271	Psyr_RNA61	-	^{01 Gly tRNA}
4902201	4902492	-	292	66043271	Psyr_RNA62	-	RNA component of RNaseP
4976249	4976325	-	77	66043271	Psyr_RNA63	-	^{16 Met tRNA}
4976421	4976506	-	86	66043271	Psyr_RNA64	-	^{15 Leu tRNA}
4999820	5000211	+	392	66043271	Psyr_RNA65	-	tmRNA
5420075	5420150	-	76	66043271	Psyr_RNA66	-	^{20 Trp tRNA}
5420316	5420391	-	76	66043271	Psyr_RNA67	-	^{12 Thr tRNA}
5420418	5420491	-	74	66043271	Psyr_RNA68	-	^{01 Gly tRNA}
5420516	5420600	-	85	66043271	Psyr_RNA69	-	^{18 Tyr tRNA}
5423027	5423141	-	115	66043271	Psyr_RNA70	-	5S ribosomal RNA
5423291	5426193	-	2903	66043271	Psyr_RNA71	-	23S ribosomal RNA
5426437	5426512	-	76	66043271	Psyr_RNA72	-	^{02 Ala tRNA}
5426567	5426643	-	77	66043271	Psyr_RNA73	-	^{14 Ile tRNA}
5426727	5428264	-	1538	66043271	Psyr_RNA74	-	16S ribosomal RNA
5506840	5506916	+	77	66043271	Psyr_RNA75	-	^{16 Met tRNA}
5816375	5816450	+	76	66043271	Psyr_RNA76	-	^{17 Phe tRNA}
5830736	5830811	+	76	66043271	Psyr_RNA77	-	^{12 Thr tRNA}
5947731	5947845	-	115	66043271	Psyr_RNA78	-	5S ribosomal RNA
5947954	5948068	-	115	66043271	Psyr_RNA79	-	5S ribosomal RNA
5948213	5951115	-	2903	66043271	Psyr_RNA80	-	23S ribosomal RNA
5951359	5951434	-	76	66043271	Psyr_RNA81	-	^{02 Ala tRNA}
5951489	5951565	-	77	66043271	Psyr_RNA82	-	^{14 Ile tRNA}
5951649	5953186	-	1538	66043271	Psyr_RNA83	-	16S ribosomal RNA