RNAInSpace/Быстрое охлаждение

Материал из Викиверситета
< RNAInSpace(перенаправлено с «RNAFoldingAI/Быстрое охлаждение»)
Перейти к навигации Перейти к поиску

В методе „Быстрое охлаждение“ используется предельно упрощенная энергетическая оценка, основанная только на расчете близости водородных связей и отсутствии ковалентных связей между атомами разных нуклеотидов (естественно, за исключением связей фосфора, образующих цепь РНК).

Алгоритм метода „Быстрое охлаждение“ следующий:

  1. Инициализируется переменные N = для задачи сворачивания РНК число нуклеотидов в цепочке; Mold = максимальное целое число;
  2. Текущие состояние (St ) = Начальное состояние (S0 )
  3. For i=1 to N
    1. For j=1 to M (M – для задачи сворачивания РНК дискретное число разрешенных поворотов для i-го типа нуклеотида)
      1. Осуществляется поворот, получая состояние
      2. Для состояния St+1 вычисляется функции полезности , определенная для конкретной задачи.
      3. Сохраняется значение
    2. Вычисляется
  4. Фиксируется состояние, с поворотом, который дает минимум .
  5. Если M < Mold , то переходим к п.6, иначе сохраняется Mold = M и переходим к п.2.
  6. Процесс с п.2. повторяется, пока поворот каждого нуклеотида N в цепочке осуществится хотя бы один раз (это может сопровождаться возрастанием уже полученного минимума функции полезности).