Материалы:NC 008253

Вы находитесь в Инкубаторе

Это исходный материал (как правило загружен ботом)

Эта статья — часть материалов: лаборатории Биоинформатика, исследовательского проекта «Геном прокариот»

   LOCUS       NC_008253            4938920 bp    DNA     circular BCT 16-AUG-2007
   DEFINITION  Escherichia coli 536, complete genome.
   ACCESSION   NC_008253
   VERSION     NC_008253.1  GI:110640213
   KEYWORDS    .
   SOURCE      Escherichia coli 536
     ORGANISM  Escherichia coli 536
               Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;
               Enterobacteriaceae; Escherichia.
   REFERENCE   1  (bases 1 to 4938920)
     AUTHORS   Hochhut,B., Wilde,C., Balling,G., Middendorf,B., Dobrindt,U.,
               Brzuszkiewicz,E., Gottschalk,G., Carniel,E. and Hacker,J.
     TITLE     Role of pathogenicity island-associated integrases in the genome
               plasticity of uropathogenic Escherichia coli strain 536
     JOURNAL   Mol. Microbiol. 61 (3), 584-595 (2006)
      PUBMED   16879640
   REFERENCE   2  (bases 1 to 4938920)
     CONSRTM   NCBI Genome Project
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (24-JUL-2006) National Center for Biotechnology
               Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA
   REFERENCE   3  (bases 1 to 4938920)
     AUTHORS   Brzuszkiewicz,E., Brueggemann,H., Liesegang,H., Emmerth,M.,
               Oelschlaeger,T., Nagy,G., Albermann,K., Wagner,C., Emody,L.,
               Gottschalk,G., Hacker,J. and Dobrind,U.
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (20-JAN-2006) Institute of Microbiology and Genetics,
               Georg August University Goettingen, Goettingen Genomics Laboratory,
               Grisebachstr. 8, Goettingen D-37077, Germany
   COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
               NCBI review. The reference sequence was derived from CP000247.
               COMPLETENESS: full length.

Расположение РНК[править]

Начало	Конец	Направление	Длина	PID	Ген	COG	Комментарий
227931	229472	+	1542	110640213	ECP_4736	-	16S ribosomal RNA
229558	229633	+	76	110640213	ECP_0211	-	^{04 Glu tRNA}
229827	232730	+	2904	110640213	ECP_4735	-	23S ribosomal RNA
232824	232943	+	120	110640213	ECP_4737	-	5S ribosomal RNA
232996	233072	+	77	110640213	ECP_0212	-	^{06 Asp tRNA}
241221	241297	+	77	110640213	ECP_0222	-	^{06 Asp tRNA}
294319	294394	+	76	110640213	ECP_0273	-	^{12 Thr tRNA}
332397	332473	+	77	110640213	ECP_0310	-	^{11 Arg tRNA}
426970	427050	+	81	110640213	ECP_0403	-	Xaa tRNA
620974	621050	+	77	110640213	ECP_0592	-	^{11 Arg tRNA}
723221	723295	-	75	110640213	ECP_4731	-	^{05 Gln tRNA}
723333	723407	-	75	110640213	ECP_4730	-	^{05 Gln tRNA}
723456	723532	-	77	110640213	ECP_4729	-	^{16 Met tRNA}
795927	796002	+	76	110640213	ECP_0754	-	^{10 Lys tRNA}
796038	796113	+	76	110640213	ECP_0755	-	^{13 Val tRNA}
796116	796191	+	76	110640213	ECP_0756	-	^{10 Lys tRNA}
796243	796318	+	76	110640213	ECP_0757	-	^{13 Val tRNA}
796322	796397	+	76	110640213	ECP_0758	-	^{10 Lys tRNA}
796446	796521	+	76	110640213	ECP_0759	-	^{10 Lys tRNA}
796555	796630	+	76	110640213	ECP_0760	-	^{10 Lys tRNA}
939676	939763	-	88	110640213	ECP_4728	-	^{08 Ser tRNA}
1034999	1035086	-	88	110640213	ECP_4727	-	^{08 Ser tRNA}
1088445	1088532	-	88	110640213	ECP_4726	-	^{08 Ser tRNA}
1310055	1310139	-	85	110640213	ECP_4725	-	^{18 Tyr tRNA}
1310173	1310257	-	85	110640213	ECP_4724	-	^{18 Tyr tRNA}
1661394	1661470	+	77	110640213	ECP_1612	-	^{13 Val tRNA}
1661475	1661551	+	77	110640213	ECP_1613	-	^{13 Val tRNA}
1900668	1900754	-	87	110640213	ECP_4723	-	^{15 Leu tRNA}
1900767	1900840	-	74	110640213	ECP_4722	-	^{19 Cys tRNA}
1900894	1900969	-	76	110640213	ECP_4721	-	^{01 Gly tRNA}
1970000	1970089	-	90	110640213	ECP_4720	-	^{08 Ser tRNA}
1971081	1971156	+	76	110640213	ECP_1935	-	^{07 Asn tRNA}
2010971	2011046	-	76	110640213	ECP_4719	-	^{07 Asn tRNA}
2013380	2013455	-	76	110640213	ECP_4718	-	^{07 Asn tRNA}
2015204	2015279	+	76	110640213	ECP_1961	-	^{07 Asn tRNA}
2327058	2327134	+	77	110640213	ECP_2230	-	^{03 Pro tRNA}
2496761	2496835	+	75	110640213	ECP_2385	-	^{11 Arg tRNA}
2540120	2540195	-	76	110640213	ECP_4717	-	^{02 Ala tRNA}
2540235	2540310	-	76	110640213	ECP_4716	-	^{02 Ala tRNA}
2543009	2543084	+	76	110640213	ECP_2423	-	^{13 Val tRNA}
2543129	2543204	+	76	110640213	ECP_2424	-	^{13 Val tRNA}
2543251	2543326	+	76	110640213	ECP_2425	-	^{13 Val tRNA}
2543331	2543406	+	76	110640213	ECP_2426	-	^{10 Lys tRNA}
2734010	2734129	-	120	110640213	ECP_4734	-	5S ribosomal RNA
2734223	2737126	-	2904	110640213	ECP_4733	-	23S ribosomal RNA
2737320	2737395	-	76	110640213	ECP_4715	-	^{04 Glu tRNA}
2737481	2739023	-	1543	110640213	ECP_4732	-	16S ribosomal RNA
2794935	2795011	-	77	110640213	ECP_4714	-	^{11 Arg tRNA}
2795075	2795151	-	77	110640213	ECP_4713	-	^{11 Arg tRNA}
2795214	2795290	-	77	110640213	ECP_4712	-	^{11 Arg tRNA}
2795355	2795431	-	77	110640213	ECP_4711	-	^{11 Arg tRNA}
2795435	2795527	-	93	110640213	ECP_4710	-	^{08 Ser tRNA}
2940684	2940760	+	77	110640213	ECP_2797	-	^{16 Met tRNA}
2940794	2940870	+	77	110640213	ECP_2798	-	^{16 Met tRNA}
2940904	2940980	+	77	110640213	ECP_2799	-	^{16 Met tRNA}
3018048	3018121	-	74	110640213	ECP_4709	-	^{01 Gly tRNA}
3128084	3128159	+	76	110640213	ECP_2961	-	^{17 Phe tRNA}
3327284	3327359	+	76	110640213	ECP_3159	-	^{16 Met tRNA}
3428663	3428739	-	77	110640213	ECP_4708	-	^{16 Met tRNA}
3432519	3432605	-	87	110640213	ECP_4707	-	^{15 Leu tRNA}
3533150	3533262	-	113	110640213	ECP_4747	-	5S ribosomal RNA
3533303	3533378	-	76	110640213	ECP_4706	-	^{12 Thr tRNA}
3533391	3533510	-	120	110640213	ECP_4746	-	5S ribosomal RNA
3533604	3536508	-	2905	110640213	ECP_4744	-	23S ribosomal RNA
3536702	3536777	-	76	110640213	ECP_4705	-	^{04 Glu tRNA}
3536863	3538404	-	1542	110640213	ECP_4745	-	16S ribosomal RNA
3822847	3822923	-	77	110640213	ECP_4704	-	^{03 Pro tRNA}
3947789	3947879	+	91	110640213	ECP_3764	-	Sec tRNA
4125597	4127139	+	1543	110640213	ECP_4749	-	16S ribosomal RNA
4127225	4127300	+	76	110640213	ECP_3956	-	^{04 Glu tRNA}
4127494	4130397	+	2904	110640213	ECP_4748	-	23S ribosomal RNA
4130491	4130610	+	120	110640213	ECP_4750	-	5S ribosomal RNA
4130662	4130738	+	77	110640213	ECP_3957	-	^{06 Asp tRNA}
4130747	4130822	+	76	110640213	ECP_3958	-	^{20 Trp tRNA}
4165293	4165369	+	77	110640213	ECP_3988	-	^{11 Arg tRNA}
4165428	4165503	+	76	110640213	ECP_3989	-	^{09 His tRNA}
4165524	4165610	+	87	110640213	ECP_3990	-	^{15 Leu tRNA}
4165653	4165729	+	77	110640213	ECP_3991	-	^{03 Pro tRNA}
4241392	4242933	+	1542	110640213	ECP_4742	-	16S ribosomal RNA
4243002	4243078	+	77	110640213	ECP_4064	-	^{14 Ile tRNA}
4243121	4243196	+	76	110640213	ECP_4065	-	^{02 Ala tRNA}
4243380	4246283	+	2904	110640213	ECP_4741	-	23S ribosomal RNA
4246377	4246496	+	120	110640213	ECP_4743	-	5S ribosomal RNA
4378773	4380323	+	1551	110640213	ECP_4752	-	16S ribosomal RNA
4380495	4380570	+	76	110640213	ECP_4185	-	^{04 Glu tRNA}
4380764	4383667	+	2904	110640213	ECP_4751	-	23S ribosomal RNA
4383761	4383880	+	120	110640213	ECP_4753	-	5S ribosomal RNA
4387346	4387421	+	76	110640213	ECP_4189	-	^{12 Thr tRNA}
4387430	4387514	+	85	110640213	ECP_4190	-	^{18 Tyr tRNA}
4387631	4387705	+	75	110640213	ECP_4191	-	^{01 Gly tRNA}
4387712	4387787	+	76	110640213	ECP_4192	-	^{12 Thr tRNA}
4419039	4420580	+	1542	110640213	ECP_4739	-	16S ribosomal RNA
4420666	4420741	+	76	110640213	ECP_4220	-	^{04 Glu tRNA}
4420935	4423838	+	2904	110640213	ECP_4738	-	23S ribosomal RNA
4423932	4424051	+	120	110640213	ECP_4740	-	5S ribosomal RNA
4593023	4593098	-	76	110640213	ECP_4703	-	^{17 Phe tRNA}
4621978	4622053	+	76	110640213	ECP_4408	-	^{01 Gly tRNA}
4622090	4622165	+	76	110640213	ECP_4409	-	^{01 Gly tRNA}
4622201	4622276	+	76	110640213	ECP_4410	-	^{01 Gly tRNA}
4735147	4735231	+	85	110640213	ECP_4520	-	^{15 Leu tRNA}
4904315	4904401	-	87	110640213	ECP_4702	-	^{15 Leu tRNA}
4904436	4904522	-	87	110640213	ECP_4701	-	^{15 Leu tRNA}
4904551	4904637	-	87	110640213	ECP_4700	-	^{15 Leu tRNA}