Материалы:NC 008563

Вы находитесь в Инкубаторе

Это исходный материал (как правило загружен ботом)

Эта статья — часть материалов: лаборатории Биоинформатика, исследовательского проекта «Геном прокариот»

   LOCUS       NC_008563            5082025 bp    DNA     circular BCT 09-APR-2007
   DEFINITION  Escherichia coli APEC O1, complete genome.
   ACCESSION   NC_008563
   VERSION     NC_008563.1  GI:117622295
   KEYWORDS    .
   SOURCE      Escherichia coli APEC O1
     ORGANISM  Escherichia coli APEC O1
               Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;
               Enterobacteriaceae; Escherichia.
   REFERENCE   1  (bases 1 to 5082025)
     AUTHORS   Johnson,T.J., Kariyawasam,S., Wannemuehler,Y., Mangiamele,P.,
               Johnson,S.J., Doetkott,C., Skyberg,J.A., Lynne,A.M., Johnson,J.R.
               and Nolan,L.K.
     TITLE     The Genome Sequence of Avian Pathogenic Escherichia coli Strain
               O1:K1:H7 Shares Strong Similarities with Human Extraintestinal
               Pathogenic E. coli Genomes
     JOURNAL   J. Bacteriol. 189 (8), 3228-3236 (2007)
      PUBMED   17293413
   REFERENCE   2  (bases 1 to 5082025)
     CONSRTM   NCBI Genome Project
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (08-NOV-2006) National Center for Biotechnology
               Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA
   REFERENCE   3  (bases 1 to 5082025)
     AUTHORS   Johnson,T.J. and Nolan,L.K.
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (14-SEP-2006) Veterinary Microbiology and Preventive
               Medicine, Iowa State University, 1802 Elwood Drive, VMRI 2, Ames,
               IA 50011, USA
   COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
               NCBI review. The reference sequence was derived from CP000468.
               Growth conditions for DNA isolation: 37C, 12 hr, LB broth. Strain
               available upon request from authors Lisa Nolan or Tim Johnson,
               email to: timjohns@iastate.edu.
               COMPLETENESS: full length.

Расположение РНК[править]

в таблице нехватает 3 копий Ala tRNA^GCA (коррекцию см. Ala tRNA)

в таблице нехватает 2 копий Ala tRNA^GCC (коррекцию см. Ala tRNA)

в таблице нехватает 2 копий Met tRNA^ATG

+ в таблице нехватает 4 копий Met tRNA^ATG

+ в таблице нехватает 1 копий Met tRNA^ATG

Начало	Конец	Направление	Длина	PID	Ген	COG	Комментарий
81625	81712	+	88	117622295	APECO1_5001	-	^{15 Leu tRNA}
81741	81827	+	87	117622295	APECO1_5002	-	^{15 Leu tRNA}
81862	81948	+	87	117622295	APECO1_5003	-	^{15 Leu tRNA}
168882	168966	-	85	117622295	APECO1_5004	-	^{15 Leu tRNA}
228500	230053	+	1554	117622295	APECO1_r01	-	16S ribosomal RNA
230474	233387	+	2914	117622295	APECO1_r02	-	23S ribosomal RNA
233482	233605	+	124	117622295	APECO1_r03	-	5S ribosomal RNA
281831	281906	-	76	117622295	APECO1_5005	-	^{01 Gly tRNA}
281942	282017	-	76	117622295	APECO1_5006	-	^{01 Gly tRNA}
282054	282129	-	76	117622295	APECO1_5007	-	^{01 Gly tRNA}
311563	311638	+	76	117622295	APECO1_5008	-	^{17 Phe tRNA}
551657	551732	-	76	117622295	APECO1_5009	-	^{04 Glu tRNA}
584616	584691	-	76	117622295	APECO1_5010	-	^{12 Thr tRNA}
584698	584772	-	75	117622295	APECO1_5011	-	^{01 Gly tRNA}
584889	584973	-	85	117622295	APECO1_5012	-	^{18 Tyr tRNA}
584982	585057	-	76	117622295	APECO1_5013	-	^{12 Thr tRNA}
591850	591925	-	76	117622295	APECO1_5014	-	^{04 Glu tRNA}
726358	726433	-	76	117622295	APECO1_5015	-	^{02 Ala tRNA}
726476	726552	-	77	117622295	APECO1_5016	-	^{14 Ile tRNA}
806436	806512	-	77	117622295	APECO1_5017	-	^{03 Pro tRNA}
806555	806641	-	87	117622295	APECO1_5018	-	^{15 Leu tRNA}
806662	806737	-	76	117622295	APECO1_5019	-	^{09 His tRNA}
806796	806872	-	77	117622295	APECO1_5020	-	^{11 Arg tRNA}
841341	841416	-	76	117622295	APECO1_5021	-	^{20 Trp tRNA}
841425	841501	-	77	117622295	APECO1_5022	-	^{06 Asp tRNA}
844863	844938	-	76	117622295	APECO1_5023	-	^{04 Glu tRNA}
944853	944940	+	88	117622295	APECO1_5024	-	Sec tRNA
1069456	1069532	+	77	117622295	APECO1_5025	-	^{03 Pro tRNA}
1360332	1360408	+	77	117622295	APECO1_5026	-	^{14 Ile tRNA}
1360451	1360526	+	76	117622295	APECO1_5027	-	^{02 Ala tRNA}
1363843	1363918	+	76	117622295	APECO1_5028	-	^{12 Thr tRNA}
1463313	1463399	+	87	117622295	APECO1_5029	-	^{15 Leu tRNA}
1467177	1467253	+	77	117622295	APECO1_5030	-	^{16 Met tRNA}
1561812	1561887	-	76	117622295	APECO1_5031	-	^{16 Met tRNA}
1773109	1773184	-	76	117622295	APECO1_5032	-	^{17 Phe tRNA}
1883202	1883275	+	74	117622295	APECO1_5033	-	^{01 Gly tRNA}
1961668	1961744	-	77	117622295	APECO1_5034	-	^{16 Met tRNA}
1961778	1961854	-	77	117622295	APECO1_5035	-	^{16 Met tRNA}
1961888	1961964	-	77	117622295	APECO1_5036	-	^{16 Met tRNA}
2085998	2086090	+	93	117622295	APECO1_5037	-	^{08 Ser tRNA}
2086094	2086170	+	77	117622295	APECO1_5038	-	^{11 Arg tRNA}
2086235	2086311	+	77	117622295	APECO1_5039	-	^{11 Arg tRNA}
2086375	2086451	+	77	117622295	APECO1_5040	-	^{11 Arg tRNA}
2086515	2086591	+	77	117622295	APECO1_5041	-	^{11 Arg tRNA}
2189439	2189515	+	77	117622295	APECO1_5042	-	^{14 Ile tRNA}
2189558	2189633	+	76	117622295	APECO1_5043	-	^{02 Ala tRNA}
2318714	2318790	-	77	117622295	APECO1_5044	-	^{11 Arg tRNA}
2429213	2429288	-	76	117622295	APECO1_5045	-	^{10 Lys tRNA}
2429293	2429368	-	76	117622295	APECO1_5046	-	^{13 Val tRNA}
2429415	2429490	-	76	117622295	APECO1_5047	-	^{13 Val tRNA}
2429535	2429610	-	76	117622295	APECO1_5048	-	^{13 Val tRNA}
2432309	2432384	+	76	117622295	APECO1_5049	-	^{02 Ala tRNA}
2432424	2432499	+	76	117622295	APECO1_5050	-	^{02 Ala tRNA}
2512937	2513011	-	75	117622295	APECO1_5051	-	^{11 Arg tRNA}
2683971	2684047	-	77	117622295	APECO1_5052	-	^{03 Pro tRNA}
2885264	2885387	-	124	117622295	APECO1_r04	-	5S ribosomal RNA
2885478	2888384	-	2907	117622295	APECO1_r05	-	23S ribosomal RNA
2888826	2890383	-	1558	117622295	APECO1_r06	-	16S ribosomal RNA
2943442	2943517	-	76	117622295	APECO1_5053	-	^{07 Asn tRNA}
2945851	2945926	-	76	117622295	APECO1_5054	-	^{07 Asn tRNA}
2947678	2947753	+	76	117622295	APECO1_5055	-	^{07 Asn tRNA}
2987569	2987644	-	76	117622295	APECO1_5056	-	^{07 Asn tRNA}
2988636	2988725	+	90	117622295	APECO1_5057	-	^{08 Ser tRNA}
3003287	3003362	+	76	117622295	APECO1_5058	-	^{16 Met tRNA}
3003364	3003440	+	77	117622295	APECO1_5059	-	^{10 Lys tRNA}
3003443	3003518	+	76	117622295	APECO1_5060	-	^{12 Thr tRNA}
3003522	3003596	+	75	117622295	APECO1_5061	-	^{01 Gly tRNA}
3081111	3081186	+	76	117622295	APECO1_5062	-	^{01 Gly tRNA}
3081327	3081413	+	87	117622295	APECO1_5064	-	^{15 Leu tRNA}
3314623	3314699	-	77	117622295	APECO1_5065	-	^{13 Val tRNA}
3314704	3314780	-	77	117622295	APECO1_5066	-	^{13 Val tRNA}
3594780	3594854	-	75	117622295	APECO1_5067	-	^{01 Gly tRNA}
3594858	3594933	-	76	117622295	APECO1_5068	-	^{12 Thr tRNA}
3714123	3714245	-	123	117622295	APECO1_r07	-	5S ribosomal RNA
3714368	3714491	-	124	117622295	APECO1_r08	-	5S ribosomal RNA
3714583	3717491	-	2909	117622295	APECO1_r09	-	23S ribosomal RNA
3717926	3719479	-	1554	117622295	APECO1_r10	-	16S ribosomal RNA
3734928	3735004	-	77	117622295	APECO1_5069	-	^{11 Arg tRNA}
3735102	3735177	-	76	117622295	APECO1_5070	-	^{16 Met tRNA}
3777257	3777341	+	85	117622295	APECO1_5071	-	^{18 Tyr tRNA}
3777375	3777459	+	85	117622295	APECO1_5072	-	^{18 Tyr tRNA}
3998194	3998281	+	88	117622295	APECO1_5073	-	^{08 Ser tRNA}
4050200	4050287	+	88	117622295	APECO1_5074	-	^{08 Ser tRNA}
4184849	4184936	+	88	117622295	APECO1_5075	-	^{08 Ser tRNA}
4235473	4237026	+	1554	117622295	APECO1_r11	-	16S ribosomal RNA
4237369	4240274	+	2906	117622295	APECO1_r12	-	23S ribosomal RNA
4240365	4240488	+	124	117622295	APECO1_r13	-	5S ribosomal RNA
4335453	4335528	-	76	117622295	APECO1_5076	-	^{10 Lys tRNA}
4335562	4335637	-	76	117622295	APECO1_5077	-	^{10 Lys tRNA}
4335686	4335761	-	76	117622295	APECO1_5078	-	^{10 Lys tRNA}
4335765	4335840	-	76	117622295	APECO1_5079	-	^{13 Val tRNA}
4335892	4335967	-	76	117622295	APECO1_5080	-	^{10 Lys tRNA}
4335970	4336045	-	76	117622295	APECO1_5081	-	^{13 Val tRNA}
4336081	4336156	-	76	117622295	APECO1_5082	-	^{10 Lys tRNA}
4353875	4355429	+	1555	117622295	APECO1_r14	-	16S ribosomal RNA
4355855	4358763	+	2909	117622295	APECO1_r15	-	23S ribosomal RNA
4358854	4358977	+	124	117622295	APECO1_r16	-	5S ribosomal RNA
4408517	4408593	+	77	117622295	APECO1_5083	-	^{16 Met tRNA}
4408604	4408688	+	85	117622295	APECO1_5084	-	^{15 Leu tRNA}
4408712	4408786	+	75	117622295	APECO1_5085	-	^{05 Gln tRNA}
4408821	4408895	+	75	117622295	APECO1_5086	-	^{05 Gln tRNA}
4408911	4408987	+	77	117622295	APECO1_5087	-	^{16 Met tRNA}
4409036	4409110	+	75	117622295	APECO1_5088	-	^{05 Gln tRNA}
4409148	4409222	+	75	117622295	APECO1_5089	-	^{05 Gln tRNA}
4488381	4489946	+	1566	117622295	APECO1_r17	-	16S ribosomal RNA
4490375	4493292	+	2918	117622295	APECO1_r18	-	23S ribosomal RNA
4493383	4493506	+	124	117622295	APECO1_r19	-	5S ribosomal RNA
4511322	4511398	-	77	117622295	APECO1_5090	-	^{11 Arg tRNA}
4528665	4530212	+	1548	117622295	APECO1_r20	-	16S ribosomal RNA
4530563	4533475	+	2913	117622295	APECO1_r21	-	23S ribosomal RNA
4533566	4533689	+	124	117622295	APECO1_r22	-	5S ribosomal RNA
4786906	4786981	-	76	117622295	APECO1_5091	-	^{12 Thr tRNA}
4840072	4840148	-	77	117622295	APECO1_5092	-	^{06 Asp tRNA}
4848295	4848371	-	77	117622295	APECO1_5093	-	^{06 Asp tRNA}
4851736	4851810	-	75	117622295	APECO1_5094	-	^{02 Ala tRNA}
4851823	4851899	-	77	117622295	APECO1_5095	-	^{04 Glu tRNA}