Обсуждение:FoldIt Wiki

Материал из Викиверситета
Перейти к навигации Перейти к поиску

Мелкие достижения там были и раньше(типа успешного определения структур уже известных белков или небольшого уточнения/полировки моделей созданных автоматизированными алгоритмами типа R@H, так же была победа по нескольким моделям при CASP9 соревновании), а сейчас благодаря "коллективному разуму" игрокам удалось определить 3D структуру белка, которую в более 10 лет не удавалось определить ученым. Оригинал полной статьи тут: http://depts.washington.edu/bakerpg/drupal/node/414 Краткое изложение тут: http://the-scientist.com/2011/09/18/pub ... structure/ Команда(в FoldIt тоже командное участие/соревнования) нашедшая правильную структуру: The Contenders Результаты были оформлены как научная статья и опубликованы в журнале "Nature Structural and Molecular Biology" 18 сентября 2011. Белок, структуру которого искали - "retroviral protease" из вируса родственного ВИЧ/СПИД(только у обезьян, а не человека), были неоднократные попытки определить его структуру - как кристаллографией, так и различными методиками моделирования. Все заканчивались неудачно. После очередной неудачи один из ученых (Mariusz Jaskolski из Mickiewicz University Польши) отправил этот белок Дэвиду Бейкеру вместе с которым оформили ее как очередной "пазл" для игры FoldIt. В результате игроками была найдена правильная структура.

Немного цифр: - поиск продолжался 3 недели - в работе над этим белком принимало участие 600 человек ("игроков") из 41 команды - сгенерировано 1.25 миллиона моделей (на самом деле это не такая уж гигантская цифра - в FoldIt после каждого небольшого внесенного изменения в структуру белка промежуточный результат на всякий случай отправляется на сервер, т.е. можно считать проведено 1.25 млн. "манипуляций", хотя тоже прилично - в среднем по 2 тыс на человека). - из них учеными было отобрано 5000 наиболее "перспективных", которые тестировали сравнивая с результатами рентгеновской кристаллографии (там тот случай о котором я раньше писал: когда по кристаллографии невозможно определить исходную структуру/модель исследуемой молекулы, но при данной известной модели можно проверить соответствует ли она экспериментальным наблюдениям) Победила в итоге модель созданная командой The Contenders, давшая почти идеальное совпадение с данными кристаллографии.

Сейчас обсуждается возможность, а не дать ли игрокам FoldIt доступ к данным и соответствующий инструментарий для сравнения моделей которые они создают с экспериментальными данными по этому белку (если они есть конечно), чтобы игроки могли самостоятельно сравнивать модели с экспериментальными данными и лучше понимать в правильном ли направлении они двигаются и что возможно нужно изменить в модели для большего соответствия (формула минимальной энергии, которая сейчас используется, не всегда хороша - часто она заводит модель в "ловушки локальных минимумов"). По сути это уже практически не будет отличаться от того, чем занимаются настоящие ученые занимающиеся кристаллографией, только в форме онлайн "игры" и командного соревнования. Alex book (обсуждение) 04:27, 7 марта 2012 (UTC)Reply[ответить]

подправьте плиз .......[править]

Subj

Чего подправить ?--SSJ (обсуждение) 00:34, 25 марта 2012 (UTC)Reply[ответить]

Всё нормально. Процесс идёт ...[править]

спасибо за правки. Alex book (обсуждение) 19:30, 27 марта 2012 (UTC)Reply[ответить]

Не вижу, чтобы это не отпугивало от игры русскоязычных. Пусть здесь пока полежит ....[править]

Механику игры - тоже в обсуждения .....[править]

Эти страницы описывают механику игры:

Типа словарик. Перевести на английский.[править]

протеаза протеин аминокислота углерод водород кислород азот захватывать толкать растягивать / полная энергия протеина

там типа уже всё перевели[править]

Нашёл  !!!!!!!!!!!!! товарищи Википедисты, спасибо за то, что Вы есть ! Я два года ждал ответа - реакции на эту статью, и дождался, новых единомышленников !!!!! http://notabenoid.com/book/35654/126531/ready

http://fold.it/portal/node/991881[править]

http://fold.it/portal/node/991881

Foldit[править]

http://www.youtube.com/watch?v=WORpDZlAaxo http://www.youtube.com/watch?v=axN0xdhznhY