Сравнение двух рибозимов
Внешний вид
Рибозим №1
[править]- Capturing hammerhead ribozyme structures in action by modulating general base catalysis
- Hammerhead Ribozyme G12A mutant pre-cleavage
- Первичная последовательность: gggagcccugucaccggaugugcuuuccggucugaugaguccgugaggacaaaacagggcucccgaauu
- Вторичная последовательность [1]
- ! Третичная структура получена на основании рентгеноструктурного анализа
- Водородные связи спирали L1
- 13-31
- 14-30
- 15-29
- 16-28
- 17-27
- 18-26
- Водородные связи спирали L2
- 39-50
- 40-49
- 41-48
- 42-47
- Водородные связи верхней спирали L3
- 11-54
- 10-55
- 9 -56
- 8 -57
- 7 -58
- 6 -59
- 5 -60
- 4 -61
- 3 -62
- 2 -63
- 1 -64
- Водородные связи между спиралями (неканонические)
- a46-u19
- N6+2H6 - O2
- N7 - H3+N3
- a46-u24 (классическая)
- N6+1H6 - O4
- N1 - H3+N3
- с32-g37 (классическая)
Рибозим №2
[править]Вироидный рибозим NC_003540 с классической структурой типа “головки молотка” (Hamerhead ribozyme).
- Первичная структура фрагмента RZ+ следующая: aagaggucggcaccugacgucgguguccugaugaagauccaugacaggaucgaaaccucuu.
- Вторичная структура на рисунке. Третичная неизвестна.
- Водородные связи спирали L1
- 9-27
- 10-26
- 11-25
- 12-24
- 13-23
- 14-22
- Водородные связи спирали L2
- 36-51
- 37-50
- 38-49
- 39-48
- 40-47
- Водородные связи верхней спирали L3
- 7-55
- 6-56
- 5-57
- 4-58
- 3-59
- 2-60
- 1-61
- Водородные связи между спиралями (неканонические)
- Неизвестны, нужно определить на основании сравнения (см. ниже)
- С большой вероятностью:
- a44 - u15
- N6+2H6 - O2
- N7 - H3+N3
- a44 - u20 (классическая)
- N6+1H6 - O4
- N1 - H3+N3
- с28-g33 (классическая)
- a44 - u15
Важные стэкинг взаимодействия между:
- 27-28
- 9-33
- 35-53
- 31-54 ?
Сравнение (выравнивание)
[править]L3 * L1 L1c L1 Center L2 L2c L2 * L3 12345678901 2 345678 9012345 678901 2345678 9012 3456 789 0 123 45678901234 56789 gggagcccuGU C acCgga UGugcUu uccGgu CUGAUGA_ G_UCC gUGA__ GGA_C aAA ACagggcuccc gaauu aagagGU C ggCacc UGacgUc gguGuc CUGAUGAa GaUCC aUGAca GGAuC gAA ACcucuu 1234567 8 901234 5678901 234567 89012345 67890 123456 78901 234 5678901
Совпадает:
- центральный участок соединяющий две петли CUGAUGA
- достаточно полно совпадает спираль L2 (но в ней имеются множество разрывов)
- есть совпадения в петле L1c (центр спирали L1)
- есть совпадения в главной петле (отмечено *)
Не совпадает:
- Часть спирали L1, за исключением петли
- Часть спирали L3, за исключением начала и главной петли
Таким образом, для сохранения третичной структуры (а значит и функций рибозима) важно совпадение петель между спиралями, в то время как сами спирали могут быть разными. Но не произвольно разными, а попарно замененными (хоть и не полностью, но преимущественно, чтобы образовывать классические пары g-c, a-u).