Третичные структуры транспортных РНК

Материал из Викиверситета
Перейти к навигации Перейти к поиску
Эта статья — часть материалов: лаборатории Биоинформатика, RNAFoldingAI

Общие сведения[править]

Структура транспортной РНК

Участие в синтезе белка (трансляции)[править]

В клетке имеется такое количество разных тРНК, сколько кодонов, шифрующих аминокислоты. У каждой тРНК имеется последовательность трех нуклеотидов, комплементарных нуклеотидам кодона в мРНК — антикодон. Специальный фермент - кодаза опознает тРНК и присоединяет к "черешку листа" аминокислоту - и именно ту, которая кодируется триплетом, комплементарным антикодону. На образование ковалентной связи между тРНК и аминокислотой затрачивается энергия одной молекулы АТФ.

Когда тРНК поступает на рибосому и антикодон узнает свой кодон мРНК, аминокислота должна оторваться от тРНК. Ha рибосоме имеется два участка для связывания двух молекул тРНК. В один из этих участков, называемый акцепторным, поступает тРНК с аминокислотой и присоединяется к своему кодону. Эта аминокислота присоединяет к себе (акцептирует) растущую цепь белка, между ними образуется пептидная связь. тРНК, к которой теперь присоединен растущий белок, перемещается вместе с кодоном информационной РНК в донорный участок рибосомы . В освободившийся акцепторный участок приходит новая тРНК, связанная с аминокислотой, которая шифруется очередным кодоном. Из донорного участка сюда вновь переносится оторвавшаяся полипептидная цепь и удлиняется еще на одно звено. Аминокислоты в растущей цепи соединены в той последовательности, в которой расположены шифрующие их кодоны в мРНК.

Когда на рибосоме оказывается один из трех триплетов (УАА, УАГ, УГА), являющихся знаками препинания между генами, ни одна т-РНК не может занять место в акцепторном участке. Дело в том, что не существует антикодонов, комплементарных нуклеотидам "знаков препинания". Оторвавшейся в донорном участке полипептидной цепи не к чему присоединиться в акцепторном участке, и она покидает рибосому. Синтез белка завершен.

тРНК Phe организма Escherichia coli[править]

Вторичная структура тРНК Phe организма Escherichia coli (только стандартные водородные связи)
Вторичная структура тРНК Phe организма Escherichia coli (красные линии - стандартные водородные связи, синие - нестандартные)


Последовательность gcgcggauagcucagucgguagagcaggggauugaaaauccccguguccuugguucgauuccgaguccgcgcacca


T-петля[править]

Последовательность gcucagucgguagagc

  • водородные связи:

13 22
12 23
11 24
10 25

A-петля[править]

Последовательность ggggauugaaaaucccc

  • водородные связи:

31 39
30 40
29 41
28 42
27 43


D-петля[править]

Последовательность cuugguucgauuccgag

  • водородные связи:
  • u54-a58 (обратная хугстиновская)
O2 = 2H6-N6
N3-H3 = N7
  • стандартные:

53 61
52 62
51 63
50 64
49 65

Верхняя петля[править]

  • водородные связи:

7 66
6 67
5 68
4 69
3 70
2 71
1 72

Межспиральные связи[править]

Для дрожевой tRNA_Phe (на основании стр. 359 Zenger)

Контакты между A-T петлями[править]

  1. c25-g10 = g44 (замена g10-c25-g45)
    N7 = 2H2-N2
  2. u12-a23 = a9 (совпадает)
    N6-2H6 = N7
    N7 = 2H6-N6
  3. u8-a14 (найдена в образце, объясняет резкий поворот цепи)(обратная хугстиновская)
    O2 = 2H6-N6
    N3-H3 = N7
  4. c13-g22 = g46 (совпадает)
    O6 = 2H2-N2
    N7 = H1-N1
  5. g15-c48 (обратная уотсон-криковская) (совпадает)
    N1-H1 = O2
    N2-2H2 = N3

Контакты между T-D петлями[править]

  • g18-u55
N2-2H2 = O2

Стэкинг[править]

  • 25-26-27
  • 54-53
  • 58-61
  • 59-48
  • 59-60

не учитываем[править]

  • g26-a44 - не совпадает (a26-g44) слишком большое расхождение
  • g10-c25-g45 - не совпадает (g10-c25-u45) слишком большое расхождение - вместо g10-c25-g44
  • g4-u69 - не совпадает (есть стандартная c4-g69)

tRNA Phe from Escherichia coli

См. также[править]