RNAInSpace
sad-RNAInSpace (Semi-automatic designing RNA in space) - программное обеспечение для полуавтоматического конструирования[1] РНК в пространстве. Обеспечивает 3D визуализацию структуры РНК, позволяет её изменять и с помощью связи с модулем RNAWorld позволяет автоматизировать некоторые этапы сворачивания РНК.
Результаты моделирования
На нас ссылаются
Важные инструменты
Наиболее важные выводыЭти выводы получены как обобщение ряда экспериментов, но не обладают строгим доказательством. Тем не менее они призваны направлять последующие исследования.
Базы данных углов РНКПрограммная разработкаПредметные причины создания описываются в статье «Геномика бросает вызов искусственному интеллекту». SAD-RNAInSpace 1.0 - сделан реинжениринг программного обеспечения VMD, создана графическая библиотека визуализации молекул OpenGLPlus, и совместно с модулями RNAWorld включено в данное программное обеспечение. В статье Модуль RNAWorld описывается основной модуль, осуществляющий расчеты по сворачиванию РНК. Разработка теоретических основНе следует понимать данную часть как „разработку теории на бумаге“. Тут скорее наоборот, каждое теоретическое положение проходит экспериментальную проверку in silico со сверкой полученных результатов с биологически (in vitro) известными данными. Если такое положение себя зарекомендовало далее ложится в основу дальнейших гипотез. Иначе признается не удовлетворительным или не эффективным, выводы о чем не менее важны, так как позволяют эффективно направлять ход исследований. Подход № 1. Обучение с подкреплениемЭто подход заморожен — признан недостаточным, детали см. в архиве Модуль RNAWorld/Архив#Версия RNAFoldingAI 0.1. Подход № 2. Поиск на дереве — понятие о параллельно идущих процессахЭто похоже на игру в шахматы, при том что правила игры одному из играющих неизвестны. Эта задача может быть определена как игра с природой — игра, в которой имеется только один игрок, причем исход ее зависит не только от его решений, но и от состояния “природы”, то есть не от сознательно противодействующего противника, но от объективной, невраждебной действительности. Разработка и проверка методов производится на основании данных о рибозиме NC_003540.
Разработанные методыПодход № 3. Целенаправленное построение многоспиральных цепей РНК
АрхивУказанные здесь поднаправления заморожены, так как для многоспиральных цепей не ведут к решению. Подход № 4. Разрезание многоспиральной цепи РНК, и приведение проблематики к задаче докинга
Биоинформационные ньюансы
РНК не мoгyт образовывать структур, подобных двойной спирали ДНК
Отсутствие симметрии в моделированииСледует иметь в виду, что в третичной структуре отсутствует симметричность, в отличие от вторичной. То есть, последовательность ga≠ag или gagg≠ggag. Поэтому атомные цепи будут разные — координаты атомов будут разные, несмотря на то, что повороты одни и те же для соответствующих нуклеотидов. А также их энергетические оценки будут существенно разные, так как они зависят от координат атомов. Последовательность сворачивания
Гибкость белковой цепи и РНК-цепиКолебания валентных связей вообще не вносят вклада в гибкость цепи. Колебания валентных углов вносят малый вклад с амплитудой ≈5°. Гибкость цепи в основном обеспечивается вращением (не полностью свободным) вокруг валентных связей. Это вращение описывается как взаимное расположение атомных группировок, связанных валентной связью через двугранный угол. Свобода вращение зависит от гибридизации атомов:
Математический подходУ этого разрабатываемого подхода есть некоторая аналогия со следующим подходом:
Но наш кибернетически-геометрический подход выгодно отличает, отсутствие сложной математики, благодаря чему его можно реализовать на практике. Близкие математические работы:
См. такжеНаучные дискуссии
СсылкиИнструменты
ИнтересныеЧастично содержат такие же выводы как были получены в данном проекте. Актуальное
ПопулярныеПрочие
Примечания
|