Уточнение вариаций углов при поворотах РНК

Материал из Викиверситета
Перейти к навигации Перейти к поиску
Эта статья — часть материалов: проекта RNAFoldingAI

В работе «Автоматизированное предсказание de novo третичной структуры РНК» в качестве вариаций углов используются фрагменты из нуклеотидов от большой рибосомной подединицы Haloarcula marismortui (1FFK). Этот единственный источник обеспечивает > 300 потенциальных фрагментов с тремя остатками для каждого положения любой новой последовательности РНК.

Но при этом нуклеотиды A и G (= R) считаются аналогичными, а C и U (=Y) также. На это в статье не обращают внимание, но это видно из ПО Rosseta. Видимо, это увеличивает число вариаций углов, что и обеспечивает > 300 потенциальных фрагментов с тремя остатками.

В наших методах мы в основном используем вращение одного нуклеотида, и соответственно имеется 1171 вариаций углов для нуклеотидов типа Y, и 1526 для нуклеотидов типа R. Это число для проведения метода «Попарной корреляции» достаточно большое, что замедляет его выполнение.

Поэтому было решено уменьшить число этих вариаций, и с этой целью типы нуклеотидов не подменялись. Это дало для G - 829 вариаций углов, для C - 680, A - 697, U - 491.

Но возможно, это дало не только меньший набор вариаций углов, но и приводит к более точному сворачиванию, так как учитываются особенности каждого вида нуклеотида.